自西元20XX年，人类从肯亚(yà )图(tú )(🐌)尔卡纳湖(hú )的(de )湖畔挖(wā )出了一(yī )个名叫索(🎺)哈尔(Zohar)的(de )物体之后(hòu )，便开始对(🌫)它(tā )进(⏬)行(🎲)研究，后来(♑)有(📼)人重建出来(lái )所谓的“神(shén )之(zhī )语言”，并建立(💆)电脑程式以(🚉)启动原始索哈尔，进(jìn )行和上位领域的U-DO(上位(wèi )领域当中(💞)的红(🚢)色波动存在)连结的连结(jié )(⏯)实验，但很不幸地，从(cóng )(㊗)上(shàng )位(🥔)领域(yù )流入(rù )下位领(🐑)域的能(néng )量造成了事象(🙀)变(🙉)移，使地球(🈴)(游戏中所(suǒ )(👃)谓的“失落耶(yē )路(lù )撒冷”)几乎完(🥕)从(🕐)从(cóng )宇(🧟)宙中(zhōng )“消(xiāo )失”，人(🗳)类因(🈁)而被迫(💹)逃(💔)亡，离(🍑)开地球。　　到了(🈸)四(sì )千(qiān )年多后，在故(gù )事开始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔(ěr )奇亚(yà )行(😙)星(xīng )(Miltia)爆(bào )(👵)发了所(suǒ )谓的(🍽)米尔奇亚冲突事(shì )件，在此(cǐ )次事件(jiàn )当(💣)中，米尔奇亚行(háng )星的(🍁)人类疑似遭(👗)到了(📤)格(gé )诺西斯(Gnosis)的攻击，并(🎴)在冲突事件(⛴)后消(xiāo )失，但事件的(de )真相却因(yīn )(🍯)为(🔍)米尔奇亚(yà )的消失而不(👼)为人知。在事件后，启动原始索哈(📯)尔（后来人类制造出(chū )了十二具索(🏖)哈尔(🐸)模拟体，因此(🔮)原有的索哈尔就被称(⏭)之为原(🤠)始索哈(😂)尔）所需的神(shén )之(🥈)语言(📸)、(🌲)原始索哈尔的研究(jiū )成果、米尔奇亚的(🧔)U.M.N.座(zuò )标(biāo )等事物，都被封(😛)存(🏺)在Y资料当中，而(ér )(⛄)Y资料(liào )又被封(fēng )存在百式观(guān )测用合(hé )成人(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识内，然而这么做却引起了各(gè )方(🔘)势(shì )力(🐊)对M.O.M.O.的争(☔)夺，因此星团联邦政府(游(yóu )戏中统(😋)治各(gè )(⤴)行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫(jiào )Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的安全(quán )(🔝)。　(😇)　另一方面(miàn )(🗒)，在米尔(ěr )奇亚冲突事(🍀)件结束后(hòu )(🦋)的十几年，也就(jiù )(👚)是大约(yuē )在游戏EPI开始的时候，当时(shí )最大(dà )的企业(yè )贝(🔅)克达公司以(👻)对抗格(🔢)诺西斯(sī )侵扰的(de )名义，进行对格(gé )诺西(xī )斯用(😞)战斗(👵)兵器KOS-MOS的(de )开发(fā )计划，但(🗼)和(hé )当时(🕰)多(duō )(🤜)使用合成人(Relian)与生化(😾)人(Cyborg)的情况所不同的(de )是(✡)，KOS-MOS是个纯粹的(de )机械(🍺)制品(pǐn )。另一(🈁)方(😣)面，在EPI开始时(shí )，参与KOS-MOS开(🐢)发计划的(🧔)贝克达公司(🔛)第(🗝)一开发局研究人(rén )员卯(mǎo )(🚃)月紫苑，正乘着当(🛹)时(🥪)载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号(hào )太空船进行旅途。但没(✒)想到其太(tài )空船却被冲(chōng )著索(suǒ )哈尔而来的格诺西斯(❎)所攻击，而KOS-MOS也在此时突(🏳)然启动(dòng )，卯月紫苑(yuàn )因而被卷(juàn )入(🤕)一(yī )连串和格诺西斯及索(💳)哈(👲)尔(ěr )有(⛲)关(guān )的阴(🎿)谋，以(yǐ )及会改(gǎi )(🌓)变人类(🐬)命运的(de )(🕝)事件当(dāng )中(🙂)……