自西(xī )元20XX年，人类(lèi )从肯亚图尔卡(kǎ )纳湖(🃏)的湖(hú )畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之(zhī )后，便开始(📿)对它进行研究，后来有人重建出(⚫)来所谓(🔸)的(de )“神之语言”，并建立电脑程式以启动(dòng )原(yuán )始(shǐ )索哈(📞)尔，进行和(😚)上(🍮)位领(lǐng )域的U-DO(上(🤯)位领域当(dāng )(🔊)中的(⏺)红色(🌙)波动存(cún )在(zài ))连结的(🚨)连结实验，但很不幸地(🎛)，从上位领(💻)域(yù )流入(📙)下位(wèi )领(🐑)域(🏂)的能量造成(🙄)了(㊙)事象变移，使(shǐ )地球(游戏中所谓(wèi )的“失(shī )落耶路撒冷”)几(jǐ )(🤳)乎完从从宇宙中“消失”，人类因而(ér )被(bèi )迫(💹)逃亡，离(🍑)开地球(💍)。　　(🦇)到了四(sì )千年多(🌹)后，在(👪)故事开始前十五(wǔ )的T.C.4753年，米尔(ěr )奇(qí )亚行星(Miltia)爆发了所谓的(de )(🍽)米尔(ěr )奇亚冲突(🔎)事件，在此(cǐ )次事件当中(zhōng )，米(🌸)尔奇(qí )亚行星的人类疑(🕕)似遭到(🎦)了(📤)格诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻击(jī )，并(bìng )(🎴)在冲突事件后消失，但事(shì )件的真相却因为米(🌲)尔奇亚(🚪)的消失(🖱)而不(bú )为(😲)人知。在(zài )事件(🈸)后(hòu )，启动原始索哈尔(🐇)（后来人类(lèi )制造(zào )(🏆)出了十二(🎆)具索哈尔模拟体，因此原有(yǒu )的(🔝)索(suǒ )哈尔就被称(⏭)之为原始索哈尔(ěr )）所需的神之语言、原(🌽)始(👅)索哈尔(ěr )的研究成果、米尔奇(🍐)亚的(de )U.M.N.座标等事物，都(dōu )被封存(cún )在Y资料(➿)当(dāng )中(💘)，而Y资料(liào )又被封存(cún )在百式观测(cè )用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然而这么做却引(yǐn )起了各方势(shì )力对M.O.M.O.的争(☔)夺，因此(🚄)星团(🐎)联(lián )邦政府(fǔ )(游戏中统治各(⤴)行星的(💼)政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名(🔷)叫Ziggurat 8的生(shēng )化人(rén )(Cyborg)，以保(bǎo )(💃)护M.O.M.O.的安(😀)全(quán )。　　另(lìng )一方面，在米(🕎)尔奇(🔷)亚冲(💦)突事件结(jié )(🚌)束后的十几年，也(🏄)就是(shì )大约在游戏EPI开始(💽)的(🚱)时候，当时最(zuì )大的(de )企业贝克达公司(👄)以对抗(💁)格(gé )诺(nuò )西斯侵扰(rǎo )的(de )名义(yì )，进行(🥤)对(duì )格诺西斯用战(zhàn )斗兵(🏐)器KOS-MOS的(🧤)开(🔀)发计划，但和(hé )当时多(duō )使用合成人(Relian)与(yǔ )生化人(📰)(Cyborg)的情(qíng )况所不(🗂)同的是，KOS-MOS是(🐻)个纯(🔪)粹(cuì )的机械(xiè )制品(pǐn )。另一方面，在EPI开始时(🔋)，参(🥐)与KOS-MOS开发计(jì )划的(🧔)贝(👪)克达公(gōng )司第一开发(🙃)局研究(🕙)人员卯(🚃)月(yuè )紫苑，正乘着当时载有还没正式启动(🚒)的(de )KOS-MOS的Woglinde号太(tài )(🍶)空船(👯)进行旅途。但(dàn )没想到其太(🛵)空(📛)船却(què )(🏺)被(📫)冲(📔)著索哈(😄)尔而来的格诺(📎)西斯所攻击，而(ér )KOS-MOS也在此时突(🏳)然启动，卯月紫苑因而被卷入一连(✝)串和格(🌳)诺西斯(sī )(🖇)及(jí )索哈尔有(⛲)关的(de )阴谋，以及(jí )会(♊)改变人类(🐬)命运的事(shì )件当中……(🥇)