1999年(nián )，某个东西被卡车运出了(le )(🍩)馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆(guǎn )山，特生自卫队(🌰)出动与之展(🐮)开了苦战。在战(👋)斗(dòu )中，自卫(wèi )(🌗)队员家城茜（釈由美子 饰）意(yì )外害死了战(zhàn )友叶山二尉（森末慎(🚥)二(🐖) 饰(🛺)），自己却侥(😚)幸活了下来(lái )，并被派去(🕕)了(🤯)资料科。　　另(lìng )一(🌙)方面，日本(běn )政府在柘(zhè )植真智子首相(💱)（水(🌑)野久美(㊗) 饰）的指挥(huī )下(🔝)，召集(jí )了(le )汤(🤠)原德(🌞)光（宅麻(má )伸 饰）等(děng )科学(xué )家(jiā )开(kāi )始研究对付(🚻)哥斯(sī )拉的G兵器。他们以在馆山冲挖(wā )掘(jué )出(⚾)来的初代哥斯拉骨骼为基础，用(yòng )了四年制成了机械哥(🏻)斯拉(🌹)—(⛏)—(🐨)3式机龙(lóng )。柘(zhè )植首相辞职，由科(🔈)学技术厅长官(guān )五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新(xīn )首相。同时，茜(🏴)被派(📐)去了机龙(🌱)队(👄)，担任机龙的操(cāo )作员。　　就(jiù )在准备机(🕕)龙(😳)测试机(📤)动(🚻)时，哥斯(👚)拉又在东(dōng )京(jīng )湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉(💁)对战(⏺)，却因哥斯拉的(de )吼声唤醒了体(tǐ )内(nèi )的野(💛)兽灵魂，突然暴(bào )走，在城市中(zhōng )造成了大破坏。　　为了改良机(🎁)龙，汤原改变(🍈)了机龙DNA计算机的碱(🍏)构造，使(🍗)机(😄)龙不会再(zài )(😂)受哥斯(👧)拉叫声的干扰(📸)。但由于对(duì )再次(cì )(🌶)暴走的担忧，五(wǔ )十岚迟迟不(bú )允(yǔn )许(🚹)出动机龙。　　哥(🛫)斯拉再(😛)度出(🥈)现在东京湾，一路无视(shì )(😕)特生自卫队(duì )的攻(gōng )击(😯)来到了(🕠)品(pǐn )川，令(🏫)城市变成了(🔀)一片火海。面对如(🕶)此情景(jǐng )(🤬)，五十(🤖)岚(♿)终于同意让(ràng )机(🖨)龙(lóng )(🛍)出动。　　为(📻)了(le )(🏈)打败哥(gē )(🍩)斯拉，机龙被送到了品(🚄)川。茜(qiàn )也抱着(📒)必死的觉(📦)悟(😋)。机(jī )龙和茜的战(🌻)斗(dòu )就这样(💻)开始了。